מכמורת הוא מושב במרכז הארץ, בתחום עמק חפר, בסמוך לחוף הים. היישוב ממוקם כ-9 ק"מ צפונית לנתניה ובסמוך לשפך נחל אלכסנדר לים התיכון, סמוך למפרץ ששימש בעבר נמל עתיק.